A Magyar Kormány és Országgyűlés 1999-ben határozott az erdélyi magyar egyetemi oktatás, nevezetesen az önálló magyar tudományegyetem létrehozásának támogatásáról, melyre a 2000. évi költségvetés keretei között különített el forrásokat.

A támogatásnak az adományozó szándéka szerinti és erkölcsi biztosítékot is nyújtó felhasználása érdekében a négy erdélyi magyar történelmi egyház nyolc vezetője, a római-katolikus egyház részéről Dr. Jakubinyi György érsek, Tempfli József, Reizer Pál és Martin Roos püspök, a református egyház nevében Dr. Csiha Kálmán és Tőkés László püspök, az unitárius egyház nevében Dr. Szabó Árpád püspök, az evangélikus-lutheránus egyház részéről Mózes Árpád püspök létrehozta a Sapientia Alapítványt, amelyet a kolozsvári bíróság 2000. március 16-án jegyzett be.

A Sapientia Alapítvány kurátorait az Alapító Egyházak nevezték ki, feladatuk a romániai magyar nyelvű felsőoktatást támogató Alapítvány céljainak meghatározása és megvalósítása.

2000 áprilisában született meg a Sapientia Alapítvány és a Határon Túli Magyarok Hivatala (HTMH) közötti Együttműködési Megállapodás az Erdélyi Magyar Magánegyetem finanszírozásáról. A HTMH megszűnése óta a finanszírozást a Miniszterelnöki Hivatal keretei között működő Nemzetpolitikai Ügyek Főosztálya biztosítja.

Az Alapítvány Kuratóriuma 2000 őszén elfogadta az Erdélyi Magyar Tudományegyetem (EMTE) fejlesztési koncepcióját. Az ideiglenes működési engedély megszerzése érdekében 2001 májusában a Kuratórium tagjaiból, illetve az oktatási helyszínek egy-egy képviselőjéből megalakult az EMTE ideiglenes Szenátusa, a Kuratórium elnöke pedig megbízott rektori kinevezést kapott.

A Sapientia Alapítvány Kuratóriumának szándéknyilatkozata szerint az Erdélyi Magyar Tudományegyetem (EMTE) a regionális vonzáskörzet igényeihez igazodó, a jövő kihívásainak megfelelő, és az Unióba tömörülő Európa értékeit közvetítő felsőoktatási intézménnyé kíván válni. Az intézmény a román–magyar szakmai, tudományos kapcsolatok új színterét szeretné megnyitni, rugalmasan együttműködve más felsőoktatási intézményekkel, hozzájárulva a felsőoktatás modernizációjához.

A Sapientia Alapítvány az erdélyi magyar felsőoktatás egészét célbavevő fejlesztést valósított meg, melynek célja egy erős, több lábon álló, felkészült tanárokkal bíró erdélyi universitas létrehozása. A Sapientia – Erdélyi Magyar Tudományegyetem (EMTE) szervezeti keretei és működési feltételeit 2001. őszére teremtődtek meg.

A 2000/2001-es tanévtől kezdve a Sapientia Alapítvány fedezi a működési engedéllyel bíró nagyváradi Partiumi Keresztény Egyetem (PKE) költségeit is.

Az erdélyi magyarság demográfiai, gazdasági és kulturális tagoltságához, eltérő igényeihez igazodva, az EMTE egységes, de több lábon álló szervezetben, rugalmas és változatos oktatási programok szerint kíván működni, tiszteletben tartva egyes részeinek autonómiáját. A négy, sajátos profillal rendelkező rész egységes egyetemi szerkezetet alkot, amely – az állami felsőoktatásban folyó magyar nyelvű oktatás mellett és azt kiegészítve – biztosítani kívánja a romániai magyar közösség igényeihez igazodó, minden szakterületet felölelő felsőfokú képzést.

Pénzügyi szempontból összegezve az elmúlt több mint kilenc esztendő adatait, a magyar költségvetésből származó összesen 15.997,25 millió forint támogatásból a Kuratórium összesen 11.406,08 millió forintot ítélt meg működési, 4.591,17 millió forintot pedig ingatlan-beruházási költségek finanszírozására. A támogatási keret részletes lebontásban ITT tekinthető meg.